Powstanie naszego Ośrodka datuje się na rok 1946. Wtedy to przy filii Szkoły Podstawowej Specjalnej nr 44 przy ulicy Szwedzkiej 42 zorganizowano i dokonano oficjalnego otwarcia Państwowego Domu Dziecka. Placówka liczyła wówczas 21 wychowanków a pierwszym kierownikiem był Józef Wiśniewski. W 1952 roku po raz pierwszy zmieniła się nazwa placówki na Państwowy Zakład Wychowawczy ( ośrodek liczył już wtedy 60 wychowanków). Czasem przełomowym dla placówki był rok szkolny 1957/58, kiedy została powołana do życia - Zasadnicza Szkoła Zawodowa nr 5. Młodzież z całej niemalże Małopolski kształciła się na kierunkach: krawiec, szewc, ślusarz, introligator.

    Z dniem 1 września 1960 roku na podwórku Państwowego Zakładu Wychowawczego przy ul. Szwedzkiej ukończono budowę nowego budynku warsztatowego. W budynku tym do dnia dzisiejszego młodzież odbywa swe praktyki ślusarskie, stolarskie i malarskie.

      W roku szkolnym 1970/71 Zasadnicza Szkoła Zawodowa nr 5 przeniosła się do otrzymanego budynku przy ul. Barskiej 45. Obecnie mieszczą się tam pracownie kaletnicze, krawieckie i kucharskie a także pomieszczenia administracyjne i harcówka.

     Uczniów ciągle przybywało (z początkiem lat siedemdziesiątych było ich ok.300) i niestety brakowało pomieszczeń. Toteż w 1973 roku Kuratorium przydzieliło szkole kolejny zabytkowy budynek. Tym razem w samym centrum Krakowa - przy ul. Szujskiego 2, do którego w 1977 roku przeniosła się placówka.   

     W roku szkolnym 1977/78 połączono dwie istniejące dotąd szkoły i nadano im jedną wspólną nazwę: Państwowy Zakład Wychowawczy nr 1 z siedzibą przy ul. Barskiej 45 (dzisiejszy internat nosił wtedy nazwę: „Zakład wychowawczy”). Powstały też nowe kierunki kształcenia: kaletnictwo i stolarstwo.

     W roku 1984 na podstawie Statutu Szkolnictwa Specjalnego weszła w życie nowa obowiązująca do dziś nazwa naszej placówki która brzmi: Specjalny Ośrodek Szkolno-Wychowawczy nr 1. Dzień 14 października 1988 roku, to szczególny dzień dla naszego Ośrodka, gdyż staraniem jego ówczesnego dyrektora Pana Stanisława Mazura, Ośrodek otrzymał swojego Patrona  którym jest Jan Matejko.

     Z początkiem lat 90-tych miały miejsce pierwsze akcje społeczne podejmowane przez pracowników ośrodka na rzecz dzieci niepełnosprawnych. Dały one początek Stowarzyszeniu "Wielkie Serce", które z roku na rok odnosiło i dalej odnosi coraz większe sukcesy. W roku 1991 z inicjatywy p. Marka Podoluka kierującego stowarzyszeniem odbyła się pierwsza Aukcja Wielkiego Serca. Od tego czasu ludzie sztuki, wrażliwi na los poszkodowanych dzieci i młodzieży oddają swoje prace na licytacje, z których dochód przeznaczony na potrzeby naszego ośrodka ( poprawa bazy dydaktycznej, wyjazdy, pomoc materialna, imprezy szkolne). Aukcje od początku prowadzi p. Andrzej Starmach - historyk sztuki i właściciel galerii, znany z prowadzenia aukcji dzieł sztuki.

    Dnia 1 września 1992 została zorganizowana w internacie świetlica terapeutyczna dla młodzieży upośledzonej w stopniu umiarkowanym i ze sprzężeniami. Rok 1996 przyniósł podsumowanie dotychczasowych osiągnięć placówki w postaci jubileuszu 50-lecia istnienia Ośrodka. Główna uroczystość odbyła się 18 października. Szczególnym i zarazem podniosłym momentem było poświęcenie Sztandaru ufundowanego dla Ośrodka przez Radę Rodziców.  

      Od 1 września 1999 roku w wyniku konkursu nowym dyrektorem Ośrodka wybranym został p. Wiktor Wilk.  W nowe tysiąclecie Ośrodek wszedł rekordową ilością oddziałów klasowych w liczbie 32 oraz z 6 kierunkami zawodowymi. Dzięki zaangażowaniu Dyrekcji szkoły i Rady Rodziców w budynku przy ulicy Szujskiego powstała siłownia, w której realizowane są zajęcia wychowania fizycznego. Baza dydaktyczna Ośrodka wzbogaciła się o nowe pomoce dydaktyczne (komputery, książki do biblioteki szkolnej, mapy historyczne, podręczniki szkolne, tablice, itd.). Poddawane były remontom pomieszczenia, które tego wymagały. Dyrekcja robiła wszystko,  aby polepszyć bazę lokalową i jej unowocześnienie.

     W dniu 11 kwietnia 2002 roku w Centrum Sztuki i Techniki Japońskiej „Manggha” odbyła się uroczystość nadania i wręczenia  Orderu Uśmiechu Panu Andrzejowi Starmachowi.  Międzynarodowa Kapituła tego odznaczenia wyróżniła go za wieloletnią pomoc dzieciom niepełnosprawnym z naszego ośrodka.

     Rok szkolny 2004/2005 to zmiany w dyrekcji Ośrodka, a także jego struktury i organizacji. Od tego czasu do dnia dzisiejszego w skład Specjalnego Ośrodka Szkolno - Wychowawczego nr 1  im. Jana Matejki wchodzą: